このような場合、後工程側、もしくは親オーダ（親品目）側のマスタ入力指図の「製造数量計算式」にて、端数を切り捨てることができます。
製造数量計算式は製造BOMテーブルで設定することができます。（製造BOMテーブルの「詳細」タブをご覧ください。）
たとえば、以下のような式が考えられます。

Truncate((ME.Qty*ME.InputBomInst.Yield-ME.InputBomInst.Scrap)/ME.InputBomInst.InOutRate,0)

これは、入力指図数量に歩留りを掛け合わせて、スクラップを差し引いた値を
必要量で割った上で、Truncateを用いて小数点以下0桁で端数を切り捨てます。
投入する品目の数量を丸める場合、入力数量計算式ではRoundup関数を利用されることが多く、この場合には製造数量計算式も同様に切り捨てるように式を記述する必要がございます。