同一オーダ内では、オーダ数量変更などによる不足分に対して作業を生成することは致しません。
一つの方法として、子品目の自動補充フラグに「はい」や「はい(需給調整1対1生産)」を設定することで、不足分を補うように自動補充させることができます。
お問合せの中にもございましたが、

  • 　作業を非確定の状態に戻し、リスケジュール
  • 　不足分を新規オーダとして登録しリスケジュール

という方法もございます。
これらについてはどの方法が妥当かを要件と照らし合わせてご検討ください。